一、基本區(qū)別

1.主體資格不同：子公司具有獨立的主體資格，享有獨立的法人地位。而分公司則不具有獨立的民事和商事主體資格，僅僅是本公司的分支機構，不具有法人資格。

2.納稅人身份不同：子公司是獨立納稅人，分公司可能是獨立納稅人（如增值稅），有可能不是獨立納稅人（如企業(yè)所得稅）

3.是否獨立核算：子公司肯定是獨立核算，分公司不一定是獨立核算

二、如何涉稅安排，關鍵看需要安排什么稅種

1.增值稅安排：子公司和分公司都可以實現(xiàn)

【例】想安排企業(yè)為一般納稅人+小規(guī)模納稅人（享受一些稅收優(yōu)惠政策）的架構，子公司和分公司都可以，因為分公司可以單獨成為增值稅納稅人，比如總公司是小規(guī)模納稅人，分公司可以是一般納稅人；反過來也可以。

【提醒】對于符合特定條件的納稅人，經審批后，增值稅可以由總機構匯總繳納，分支機構按審批后的比例預繳。

2.企業(yè)所得稅安排：就要分具體情況了

【例】比如高新技術企業(yè)優(yōu)惠、小型微利企業(yè)政策，就是按照總分公司口徑享受；母子公司可以分別享受

再如海南自貿區(qū)、西部大開發(fā)優(yōu)惠政策，分公司和總公司可以分別享受，母子公司也分別享受

3.個人所得稅安排

分公司做了稅務登記，可以單獨扣繳個人所得稅；子公司肯定單獨扣繳個人所得稅

【例】《關于建筑安裝業(yè)跨省異地工程作業(yè)人員個人所得稅征收管理問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第52號）：跨省異地施工單位應就其所支付的工程作業(yè)人員工資、薪金所得，向工程作業(yè)所在地稅務機關辦理全員全額扣繳明細申報。凡實行全員全額扣繳明細申報的，工程作業(yè)所在地稅務機關不得核定征收個人所得稅。

《個人所得稅法》第八條規(guī)定：“個人所得稅以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人”。因此，分支機構的個人所得稅的繳納地點會不相同。

實務中，建筑企業(yè)為避免被在異地工程作業(yè)所在地稅務機關核定征收個人所得稅，可以安排分公司辦理全員全額扣繳明細申報，當然也可以總分公司分別辦理全員全額扣繳明細申報（您懂得）。

4.房產稅安排

房產稅的納稅義務人是產權所有人，征收機關是由房屋所在地稅務機關，分公司使用總公司的房產，應由分公司在房產所在地申報繳納房產稅。